Първият демократично избран президент на Бурунди е убит през октомври 1993 г.: само 100 дни след встъпването му в длъжност. Този акт предизвиква мащабно насилие на етническа основа между фракции на хуту и тутси. Над 200,000 бурундийци загиват по време на конфликта, продължил почти десетилетие. Стотици хиляди граждани са изселени или превърнати в бежанци към съседни страни. Посредством международно сътрудничество, се достига до споразумение за общо упражняване на властта, сключено между доминираното от тутси правителство и бунтовниците хуту. Събитието от 2003г. поставя основите на преход, изразен в създаването на общи военни сили, нова конституция от 2005г. и избор на мажоритарно правителство на хуту. Новото правителство, оглавено от президента на Бурунди Пиер Нкурунзиза, подписва споразумение за прекратяване на огъня с последната въстаническа групировка през септември 2006г. Изпълнението на договореното с помощта на Южна Африка споразумение все още среща многобройни предизвикателства.